根據有關方面提供的資訊，“南海一號”博物館在風險級別上是廣東省最高的，屬於國家一級，而“南海一號”出水後的科研、保護及管理歸屬廣東省陽江市負責，而目前陽江的科研力量、資金等顯然還不足以承擔這樣的重任。魏峻表示，“南海一號”出水後分工明確，廣東省文化廳管考古發掘，陽江政府管文物保護。國家文物局局長單霽翔在陽江打撈現場接受記者採訪時也表示，不會把所有的問題都留給陽江，國家有關部門也會投入大力量參與科研保護，還將邀請國際上相關學科的頂級專家參與到“南海一號”日後的保護、科研上來。未來的“南海一號”將為提升世界水下考古的科研、技術提供一個敞開的大門。
專家建議，對“南海一號”的後期保護研究，應隨著科學技術的發展，考古手段的不斷完善而推進，不能為了商業開發或急於出研究成果而草率行事，文化遺產的保護應是全民的責任。
隨著“南海一號”古船上文物、文獻價值的發掘與研究，以廣州、泉州為發源地的“海上絲綢之路”將會申報“世界文化遺產”。就在記者發稿時獲悉，廣州已啟動“海上絲綢之路”的申報工作，目前基礎研究工作已得到國家文物局的肯定，近期將提交申報材料，力爭進入中國世界文化遺產預備名單海上絲綢之路部分。(
