吳建成透露，“南海一號”的成功打撈，除了“整體打撈”技術外，還採用了一項新技術，那就是半潛駁技術，巨型浮吊將包住“南海一號”的上沉箱垂直上提，然後在海水中水準移動至已經事先沉沒在海底的駁船，等到將上沉箱固定完畢，再讓駁船抽沙上浮將上沉箱水準托出水面。“半潛駁技術” 的採用保證了打撈的成功。
“南海一號”的成功打撈無疑是中國水下考古的一座里程碑，標誌著中國水下考古達到世界先進水準，中國的水下考古事業也從起步逐漸走向成熟。
“南海一號”的考古發掘面臨挑戰文化遺產保護應是全民的責任
經過近9個月的艱苦努力，“南海一號”終於成功出水。經考古專家的幾次探摸，目前保守估計船上載有文物超過6萬件，其中不乏可定為國家一級、二級文物的精品。專家認為，“南海一號”是一個流動的文化載體，承載了大量的文化資訊，對研究“海上絲綢之路”、造船史、陶瓷史、航海史、對外文化交流史等具有重要的科學價值。如何保護“南海一號”引起各方關注。
見證了“南海一號”整體方案幾次論證的老專家、中國社會科學院考古研究所原所長劉慶柱認為，“南海一號”被海底淤泥封存了800多年，如今要保存在12米水深的“水晶宮”內，從海底淤泥換到人造海水內，古船會不會散架?船載文物會不會受到損害?這是中國考古界未來20年內要面對的 “大難題”。
專家的憂慮不無道理。目前，關於“南海一號”未來的考古發掘還沒有一整套系統、科學的方案，國際上也沒有成熟的先例可供借鑒。珍貴文物畢竟是不可再生資源，發掘方法一旦出現偏差，其損失將無法彌補。
對“南海一號”後期保護的種種疑慮和擔憂，魏峻認為，何時對“南海一號”進行考古發掘，還要等國家文物局的批文。短時期內不會對“南海一號”開箱發掘，這樣入住“水晶宮”的古船周身還會包裹著一層厚厚的淤泥，以保護沉船出水後不會散架，至於光照等條件的變化，不會對古船造成重大影響。他介紹說，中山大學有關實驗室已對古沉船的“原生態”環境進行了專題研究，並於近期提供了一份完整的科研報告。依據這項科研報告，技術人員將會即時調控“水晶宮”水環境的各種數據，也許會達成一個比原始環境更利於古船保護的水環境。
