据估计，沉落于海底已有八百多年的“南海一号”打捞费用估计在一亿元人民币左右，为“南海一号”打捞出水后量身定做的广东海上丝绸之路博物馆也需要一亿九千万元人民币的大投入。“南海一号”从前期探测到整体打捞、保护陈列的全过程，可谓“满船尽带黄金甲”。
“南海一号”在水中的重量将达两千八百吨，水面重量将达四千八百吨，如果没有相应的起重设备，该工程根本无法开工。因此，被誉为亚洲第一吊的四千吨全回转起重船“华天龙”号应运而生。重达五百三十吨的“南海一号”考古打捞沉井日前也由广州打捞局历时一个多月设计和制造完成。
经过专家的多次论证，整体打捞模式是对“南海一号”的最佳保护方法。步骤大致如下：一、先用精密的水下定位仪器，勘测定位沉船位置，并打下十二根定位桩；二、定制一个巨型钢沉箱(即“沉井”)，使用“静压法”将沉井缓缓压入淤泥，整体罩住沉船船体及其周围淤泥；三、挖空沉井两侧区域内的泥沙；四、从上沉井底部两侧穿引三十六根方形的钢梁，形成一个封底的“钢箱”；五.、穿起吊钢丝，上、下沉井分离，并用起重船“华天龙”将上沉箱整体起吊，再放到全潜驳上；六、全潜驳起浮、拖航；七、将沉箱拖移至预先做好的“水晶宫”内。
打捞工程的重点和难点主要集中在钢沉井的沉放和底托梁的穿引、钢沉箱起吊这几个关键步骤，经过精心的科学计算和周密准备，目前整体打捞在技术和工艺上是安全可靠、切实可行的。
